08月28 全轉錄組主流程任務投遞說明
一、登錄百邁客云平臺
下載谷歌瀏覽器，輸入網址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.
二、選擇合適的分析平臺
百邁客云包含農學和醫學兩大類分析平臺，醫學分析平臺主要針對人、鼠數據的分析，包含：轉錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數據分析，以及全轉錄組聯合分析；農學分析平臺可以應用到更多的物種，涵蓋轉錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數據的分析，以及全轉錄組聯合分析等。點擊左側導航分析->農學或者醫學打開分析平臺列表頁面，點擊選擇您想要使用的分析平臺，打開其詳細介紹頁面，該頁面可以看到該平臺的應用領域“平臺介紹“技術背景“案例“課堂“版本記錄，點擊打開軟件即可進入到參數頁面。
三、創建項目名稱
為了方便數據、任務和報告的管理，我們將同屬于一個項目的內容會放到一個項目中，因此進行基本分析時需要先選擇一個項目，如果沒有項目也可以點擊+新建先創建一個項目，見下圖。
四、數據導入
針對FASTQ測序數據，選擇文件夾批量導入，雙端測序數據必須分別以_1.fq和_2.fq結尾，系統便會自動對數據進行配對，而且多個目錄中的文件可以分多次導入進來一起進行分析。（在本公司進行測序的數據會自動推送到您的賬戶下，數據所在文件夾名稱為合同編號）
導入數據之后，可以根據自己的需要修改樣品ID，由于此處設置的ID會體現在分析報告和分析結果中，因此請慎重考慮后再設置，分析完成后不可再次修改。如果平臺上還沒有您自己的數據，請參考數據上傳先將您的數據傳到云平臺上。
！注：1.各組學導入數據樣本個數要一致
????2.circRNA數據選擇去核糖體建庫則與lncRNA共用一套數據，無需單獨導入（百邁客建庫方法為去核糖體建庫）；選擇去線性建庫則需要單獨導入數據
五、選擇樣本對應關系
為了方便后面的聯合分析內容，需要將各RNA項目里的數據按照對應關系統一編號，有幾組對應關系則在左側添加幾組，再從右側的lncRNA樣品池和miRNA樣品池中選擇對應的樣本添加到分組。其中默認按鈕可以按照數字的順序快速添加對應關系。
六、選擇參考基因組
對于依賴參考基因組序列進行分析的平臺，一定要選擇和分析數據對應的參考物種及組裝版本，不同版本的參考基因組的詳細信息可以點擊基因組版本詳情進行查看。如果云上沒有您需要的參考基因組，您可以聯系對應的運營將您提供的基因組文件部署到云平臺上，供您使用。（注：一個項目只能使用一個版本的參考基因組進行分析）
七、參數設置
- 流程版本號可以選擇默認的最新版本
Lib_type為窗體頂端
- Lib_type ：lncRNA建庫方式，fr-firststrand表示測序數據中，reads2方向與轉錄本方向一致；fr-unstranded為非鏈特異性建庫；fr-secondstrand 表示read1方向與轉錄本方向一致(百邁客lncRNA的建庫方式為fr-firststrand）
- lncRNA分析中反式靶基因預測方法： 樣本少的時候可以選擇基于序列方法，樣本數較多（大于5）推薦使用基于共表達分析方法。
- miRNA的長度范圍和接頭序列可根據實際情況進行填寫，主要是為了過濾原始數據中的街頭，默認參數為百邁客使用的序列
- circRNA預測軟件：給出三種預測方法，CIRI和find_circ是兩個不同的預測軟件，可以分別選擇其中一個軟件進行預測，CIRI+find_circ是將兩個軟件預測的結果取交集作為最終的結果，（此選項可能會導致預測結果偏少）
八、差異分組設置
根據實驗方案設計以及樣品信息，進行分組的設置，流程據此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。
DEseq2軟件適用于有生物學重復的項目，edgeR適用于無生物學重復的項目，選擇第一個，系統會自動識別項目類型選擇對應的軟件
- FDR值一般推薦選擇0.01，差異倍數閾值一般推薦選擇2.（此處設置的的參數和差異分組在后期報告個性化中可再次進行修改）
九、聯合分析參數
- 構建共表達網絡的篩選條件為共表達相關性閾值和共表達相關性分析中顯著性閾值兩個參數，其中共表達相關性閾值越大，顯著性閾值越小，則條件越嚴格。
- 構建ceRNA網絡的關系對的篩選條件為ceRNA超幾何檢驗fdr值、ceRNA超幾何檢驗p值、ceRNA共享的miRNA數目三個參數，其中fdr值和P值越小，共享miRNA數目越大則篩選條件越嚴格。
- 圖中參數為推薦參數
十、生成標準分析報告
參數設置完成之后，可以點擊保存參數，方便之后進行重新分析或者基于本次參數進行修改后再次分析；一切準備就緒后，點擊提交將任務提交到百邁客云計算集群上，根據不同分析平臺、不同數據量等待大概2小時到3周的時間完成項目分析，獲取到標準分析報告。
報告查看，點擊項目（管理）?->?我的項目打開項目列表，找到之前提交任務時選擇的項目，點擊項目名稱打開該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點擊報告名稱查看詳細報告。
點擊報告右上角的項目結果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結果數據（尾款結清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個src文件夾，展示了部分結果；PDF報告是根據HTML報告轉換而來，方便您進行報告打印；結果數據包含了項目中所有結果文件，一般比較大，會通過FTP進行下載
